特撮はとにかく、すごい。これまでの怪獣映画の（日本の特撮映画の）レベルを一気に押し上げる緻密さと、大胆な視点での映像で、満点。特に渋谷壊滅シーンは、本当に怪獣が巨大でそこにいる恐怖の対象と感じられて、鳥肌の立つようなすごい出来。怪獣をちゃんと恐怖の対象として描いたのは、実は最初のゴジラ以来なのでは、という気もする。イリスが京都に降り立つシーンは、硬質な映像が多い中で、幻想的で美しい絵になっている。
話は明らかに詰め込みすぎで未消化の部分が目立つ。登場人物多すぎて、顔見せ的な部分も多くて、ちょっと不満。特に伝奇小説的な部分は、あまりに説明的すぎて、無理があるなあ。その分、少女の復讐譚という点に絞った方が良かったのではないだろうか。
もうひとつの不満は、このシリーズに共通する、そして最大の欠陥だ。何であんなに自衛隊が活躍するんだ！「戦争」映画だった、二作目よりは目立たないとはいえ、憲法違反の自衛隊の宣伝映画になってしまっているという点は、変わりない。相変わらず、自衛隊に言われて脚本いじっているようだし。街頭インタヴューのシーンで、領海外まで追いかけてやっつけてほしい、なんて台詞をわざわざ入れる必要なんて、まったくないじゃないか。自衛隊に協力を仰いだ見返りというより、そういう思想の持ち主なんだろうね、作り手は。そんなに戦争したいのかね。ラストはなぜか突然、津川“東条”雅彦が出てきて、勇ましい台詞言ってるし、気持ち悪いことおびただしい。邪神覚醒って、ほんとはこっちのことかね？
そういった思想的な部分は別として、怪獣映画としても、自衛隊がやられないというのは、物足りない。雲海上の空中戦では、なぜかイリスはF15を撃墜しないし、ガメラはたかが、ミサイル攻撃で撃墜される。アメリカのイグアナ映画じゃあるまいし。近代兵器が通用しない、人間の愚かしさの寓意であるところのそれらを蹴散らして進むというのは、怪獣の本質的な部分だ。そこをきちんと描かないということは、「神」である怪獣の矮小化につながる。もちろん映像的にも、怪獣の強さを描く重要な見せ場を失うことになる。
というわけで、特撮映像という点では、長足の進歩が見られてすばらしいのだが、前作同様の欠点（散漫な脚本、オタク的ペダントリーの押しつけ、自衛隊問題）は、そのまま引き継いだ作品というのが、私の結論でございます。
